POZOSTAŁA CZEŚĆ PAŁACU
Sale Rafaela i Kaplica Sykstyńską to zaledwie niewielki fragment Watykanu. Odtąd konieczna jest seleketywność. W górnej kondygnacji znajdują się Appartamento Borgia — małe, przewiewne pokoje bez luksusów, których można by się spodziewać po siedzibie papieskiej — z przypadkową kolekcją współczesnej sztuki religijnej, lecz warto obejrzeć freski Pinturrichia na suficie w Salla dei Santi. To charakterystyczne dla artysty, bogate w kolor i szczegóły dzieło zdominowane jest przez portret Lukrecji Borgii jako św. Katarzyny.
Większość pozostałych muzeów znajduje się na przeciwległym końcu Pałacu Watykańskiego. Najlepsze jest niewielkie Museo Pio-Clementino. Na niewielkim dziedzińcu zwanym Cortile di Belvedere zgromadzono jedne z najlepszych posągów w Watykanie, łącznie z Apollo Belwederskim, starorzymską kopią oryginału z IV w. p.n.e. oraz Grupą Laokoona z II w. p.n.e. Te dwa posągi wywarły większy wpływ na artystów renesansu niż wszystkie pozostałe. Grupa Laokoona, znaleziona pod Złotym Domem Nerona w 1506 r. i przedstawiająca zdradliwego kapłana Apolla miażdżonego wraz z synami przez węże, pretenduje do miana najsławniejszej klasycznej rzeźby na świecie. Wspomniał o niej Pliniusz, a Byron określił realistycznie przedstawiony ból jako „uszlachetniający”.
W Museo Chiaramonti i Braccio Nuovo obok Pio-Clementino zgromadzono znacznie więcej rzeźb klasycznych, ale jest to już Watykan w najbardziej przytłaczającym wydaniu: blisko tysiąc posągów stłoczono w dwóch długich galeriach, toteż trzeba bystrego oka, żeby odróżnić ziarno od plew.
Lepiej przejść od razu do Muzeum Egipskiego (Museo Egizio), założonego w XIX w. przez Grzegorza XVI oraz Gregoriańskiego’ Muzeum Etruskiego (Museo Gregoriano Etrusco) na górze, gdzie znajdują się rzeźby i dzieła sztuki pogrzebowej i stosowanej, zebrane w południowej Etrurii — dobre uzupełnienie do Villa Giulia.
Ewentualnie można pominąć te muzea całkowicie i przejść od razu do Pinakoteki, mieszczącej się w oddzielnym budynku na samym końcu głównej osi Watykanu. Jest tu bodaj najlepsza galeria obrazów w Rzymie, z dziełami od wczesnego do późnego renesansu. Wśród wcześniejszych prac są obrazy Crivellich, Lippiego i Giotta, a uwagę wszystkich przykuwa „Poliptyk Stefaneschi” tego ostatniego, ukazujący m.in. męczeństwo św. Piotra i Pawła. Można też zobaczyć miękkie, elegancko odziane postacie malarzy szkoły umbryjskiej, Perugina i Pinturrichia. Rafaelowi poświęcono osobną salę, obejmującą m.in. nie dokończone Przemienienie Pańskie namalowane pod koniec życia artysty. Św. Hieronim Leonarda w sali obok robi także wrażenie nie dokończonego, a jest to wybitne dzieło, na którym Hieronim przedstawiony został jako wychudły asceta. Więcej uwagi zwraca Złożenie Chrystusa do grobu Caravaggia, dzieło niezwykle realistyczne. Eksponowane w tej samej sali. Ukrzyżowanie iw. Piotra Guido Reni stanowi udane naśladownictwo metody malarskiej Caravaggia.
Za Pinakoteką znajduje się grupa muzeów w nowoczesnych budynkach. W Muzeum Sztuki Świeckiej (Museo Gregoriano Profano) są kolejne rzeźby klasyczne, ustawione na rusztowaniach tak, aby można je było oglądać ze wszystkich stron. Można tam znaleźć przykłady sztuki sepulkralnej, łącznie w Fryzami z grobu Hatieri, na których widnieją pejzaże miejskie starożytnego Rzymu i realistyczne sceny rodzajowe. W sąsiednim Museo Pio Cristiano są wczesnochrześcijańskie sarkofagi, jak również słynny ekspresyjny posąg Dobry pasterz z III w. n.e. Natomiast w Museo Missonario Etnologico można oglądać dzieła sztuki i wyroby rzemieślnicze zebrane na całym świecie przez katolickich misjonarzy.